Sadarbībā ar Rēzeknes novada pašvaldību Maltas vidusskola piedalās projektos:
- “Kompetenču pieeja mācību saturā” ( 2017.- 2021.) - projektā piedalās 100 pilotskolas Latvijā. Projekta mērķis: nodrošināt vispārējās izglītības satura izstrādi, aprobāciju un ieviešanu pirmsskolas, pamata un vidējās izglītības pakāpē. Maltas vidusskola projektā piedalās visās pakāpēs.
- “Atbalsts izglītojamo individuālo kompetenču attīstībai” (2017. - 2020.) - projektā piedalās Rēzeknes novada skolas. Projekta mērķis: nodrošināt izglītības pakalpojuma daudzveidību, uzlabojot izglītojamo kompetences un mācību sasniegumus.
- “Karjeras atbalsts vispārējās un profesionālās izglītības iestādēs” (2017.- 2020.) - projektā piedalās Rēzeknes novada skolas. Projekta ietvaros skolā strādā skolotājs - karjeras konsultants.
Sadarbībā ar Kultūras ministriju Maltas vidusskola piedalās projektā :
- “Latvijas romu platforma I: dialogs, sadarbība un iesaistīšana” (2014.-2020.) .
Sadarbībā ar Rēzeknes novada pašvaldību Maltas vidusskola piedalās programmā “Latvijas skolas soma”.
Sākot ar 2018.gada septembri, tās ietvaros ikvienam mūsu valsts skolēnam no 1.-12.klasei tiks nodrošināta iespēja izzināt un klātienē pieredzēt mūsu kultūras un dabas vērtības, iepazīt dažādos laikos Latvijā radītās inovācijas un uzņēmējdarbības veiksmes stāstus.